Sauvé par Aeryn en début de saison, il assiste à sa mort, impuissant, quelques épisodes plus tard. Plus qu'impuissant en fait puisque techniquement, il est responsable de l'accident qui lui coûte la vie. Même si, moralement, la faute revient au clône neural qui le contrôle, le choc n'en est pas moins rude.

Entre temps, que d'aventures !

Dans un premier temps, il s'installe dans son rôle de héros bien tranquille. A ses côtés, ses compagnons se découvrent et mènent leurs propres aventures.

Puis les choses s'emballent un peu. Après un passage fort apprécié dans le corps d'Aeryn et un autre dont il se serait bien passé dans celui de Rygel, il expérimente une forme de clonage instantané. Il se trouve confronté à deux Crichton à l'évolution différente : cro-magnon d'un côté, génie scientifique de l'autre... y'a de quoi se poser des questions sur sa personnalité.

Il a du charisme, c'est certain... mais fera-t-il un monarque éclairé ? un époux attentionné ? un père responsable ? A vrai dire, toutes ces questions, sa future épouse, pas plus que lui, n'est pas en droit de se les poser. La seul question est : compatibilité. Pressé de se marier par les uns, désapprouvé par les autres, comment ne perdrait-il pas la tête ? Quand certains se laissent repousser par des incompatibilités mineures, d'autres ne jurent que par la compatibilité biologique qui leur permettra de conserver le pouvoir. Les choix de John ne sont pas compris de tous.

Harvey, dans sa tête, ne cesse d'en rajouter. Les "hallucinations" deviennent plus puissantes et ses dialogues avec le clone neural commencent à foutre vraiment les jetons.

Il apprécie d'autant plus les moments passés avec Aeryn, de plus en plus attirante, de plus en plus attachante. Même si tout ce qu'ils vivent ensemble n'est pas la vérité, même si les souvenirs s'effacent, il reste dans le coeur de Crichton une trace profonde.

Ses nouveaux amis tiennent aussi une place importante. Il n'hésitera pas à servir de monnaie d'échange et à se livrer à son pire ennemi pour permettre la libération de Jothee, le fils perdu de D'Argo.