La troisième saison de Farscape ne commence pas sous les meilleures augures pour Crais. En détruisant ce qu'il pensait être la navette de Scorpius, il prend définitivement le parti de l'équipage de Moya, devient un hors-la-loi pour les Pacificateurs
John Crichton est en bien mauvaise posture : incapable de parler, malheureux d'avoir perdu la femme qu'il aime et l'esprit toujours occupé par le clone neural de Scorpius, malgré la disparition de la puce.