Mais John se rend compte que ce clone est nettement moins puissant qu'avant et qu'il peut le contrôler. De plus, grâce à Zhaan, Aeryn revient parmi les vivants. Mais ce bonheur est de courte durée, car ramener Aeryn a demandé énormément d'énergie à Zhaan, elle est donc mourante. Ils se sentent donc coupable, surtout Aeryn.

A la suite d'une visite à bord d'un léviathan à la dérive habité par des cannibales et un savant pompeur de cerveau, Crichton se trouve dédoublé. On a donc 2 Crichton identiques pour le prix d'un ! Après une série de circonstances, l'un se retrouve à bord de Talyn avec Aeryn, Crais, Stark et Rygel et l'autre sur Moya avec D'Argo, Jool et Chiana.

Le John sur Talyn et Aeryn vont finir par vivre leur histoire d'amour pleinement. Mais après une nouvelle rencontre avec les Anciens, Talyn-John se sacrifiera pour empêcher les Scarrans de mettre la main sur la technologie des vortex.

Pendant ce temps-là, sur Moya, l'autre John, n'ayant rien d'autre à faire, se plonge dans l'étude des vortex.

Les retrouvailles entre les 2 équipages ne sont pas des plus joyeuses, Aeryn étant toujours en deuil de la mort de Talyn-John, elle évite les contacts avec le John resté sur Moya.

John décide de s'attaquer à Scorpius pour mettre un terme à ses recherches sur les vortex, et, soutenu par Aeryn, convainc les autres de se joindre à lui.

Après la réussite de leur plan, au prix d'un nouvel énorme sacrifice, l'équipage de Moya décide de se séparer. Après des adieux quelque peu difficiles avec Aeryn, John, sorti faire un petit tour à bord de son module, apprend qu'Aeryn est partie en emportant un secret ; il veut à tout prix la rejoindre mais tout ce qu'il peut faire c'est voir avec horreur Moya se faire avaler par un vortex.

John se retrouve donc vraiment seul, perdu dans l'espace à bord de son module.