Chacun son secret est monté comme un thriller : 2 mystères à résoudre, 2 enquêteurs (Zhaan et Crichton) et deux techniciens (Aeryn qui s'occupe de Pilot - où plutôt de le remplacer momentanément- et Rygel qui est affecté à D'Argo)

Le premier mystère est plutôt d'ordre technique : Zhaan et Crichton se livrent à des analyses et raisonnements d'ordre scientifique. Tandis que le second mystère, concernant le passé de D'Argo est, lui, d'ordre psychologique : nos enquêteurs se transforment en psychiatres et tentent un choc émotionnel pour ramener le patient au présent.

Bien que les mystères s'entrecroisent pendant tout l'épisode, à la fin ils se superposent et la charge émotionnelle est à son comble. L'intrigue est vraiment bien menée et bien que le spectateur reçoive tous les éléments nécessaires à la compréhension, peu à peu, nul ne s'attend aux dénouements finaux.

Une autre nouveauté, très attendue : Moya est enfin traitée comme un être à part entière. Bien entendu lors des épisodes précédents épisodes, le fait qu'il s'agisse d'un vaisseau vivant est souvent souligné mais un peu comme une anecdote. Ici, on parle non seulement d'un être vivant mais d'un être conscient.

On explique clairement que Pilote n'est là que pour aider le Léviathan et plus particulièrement pour gérer tous les éléments nécessaires à la survie des passagers (éclairage, recyclage de l'air, contrôle de l'environnement,…). Mais à partir du moment où Moya est libérée du collier pacificateur, elle peut très bien vivre sans aide extérieure.

Moya prend des décisions, éventuellement contraires à celles de Pilote et de l'équipage lorsqu'elle le juge nécessaire (ou lorsque ses fonctions vitales l'imposent), elle agit et communique (notamment par l'intermédiaire des drds)